在留資格とビザは違います。
在留資格とは外国人が日本に在留するための資格です。ビザ（査証）とは、パスポートが正当に発行されたものであること、入国及び在留を認めても差し支えないことを確認するものです。
在留資格は上陸許可時等に認められるものですので法務省（出入国在留管理庁）の所掌事務です。他方ビザは在外公館が発給するものですから外務省の所掌事務です。
ところが、通俗的には在留資格のことを「ビザ」と呼びますので混乱しがちです。ただ、実務としては外国人が日本に入国できるか、在留を継続できるかどうかが重要なのであえて指摘も訂正もせず、「ビザ」で話を進めてしまうことが通常です。
上陸審査と在留資格認定証明書
外国人が本邦に上陸する際には審査を受けなければなりません。上陸審査では以下の内容を確認します。
- 日本国領事官等の査証を受けた有効な旅券を所持していること（査証免除の場合あり）
- 行おうとする活動が虚偽でないこと
- 在留資格ごとの上陸許可基準に適合していること（基準自体が設定されてい在留資格もあります）
これらの条件に適合していることを外国人自らが立証しなければなりません。これはなかなか大変なので、日本に在留しようとする外国人は、あらかじめ上記条件に適合している旨の証明書の交付を請求できます。この証明書を在留資格認定証明書といいます。
在留資格認定証明書の交付申請
在留資格証明書を交付するのは日本の法務省です。在留資格認定証明書の交付を受けようとする外国人はごく例外的な場合を除いて外国にいますので、外国人を受け入れようとする企業や資格をもった弁護士または行政書士が代理人として申請するのが通常です。
ビザ発給と在留資格認定証明書
ビザを発給するのは外国にある日本国領事官等です。実はビザの発給基準は公表されていないのですが（公表すると抜け穴を見つけて不正にビザの発給を受けようとする者が出てくる恐れがあるからです。）、ビザを発給してよいかどうか判断に迷う場合は東京の外務省本省に照会することがあり、当然ビザの発給に時間がかかります。
ビザを申請する外国人があらかじめ在留資格認定証明書の交付を受けている場合、日本の法務省が在留資格についていわばお墨付きを出している状態ですので、ビザ発給がスムーズに行われやすくなります。
もっとも、現地でなければ判明しない事情もありますので、在留資格認定証明書が交付されていれば必ずビザが発給されるとは限りません。
ただ、そのようなケースは多くはありませんので、
在留資格認定証明書交付⇒ビザ発給⇒入国
とするのが賢明な方法といえます。
在留資格認定証明書の対象外となる在留資格
在留資格認定証明書の交付対象外となっている在留資格が二つあります。
一つは「短期滞在」です。在留資格交付手続にはそれなりに時間がかかるので（1か月から3か月くらい）。3か月未満の短期滞在のために大げさな手続を踏むのは不合理だからです。
この場合、在留資格認定証明書なしで日本国領事官にビザ発給を申請することになります。ビザが免除されている場合は、いわば手ぶらで日本に来て空港で上陸審査を受けるということになります。
もう一つは「永住」です。永住は、すでに日本に在留している外国人が在留資格を永住に変更することによって初めて認められる在留資格だからです。
